La Hermandad fue constituida el 19 de marzo de 1905 en la iglesia de San Esteban Protomártir. La primera talla de El Prendimiento fue donada por Don Mariano Catalina y bendecida el día 16 de abril de 1905. Como curiosidad comentar que antes de ser traída a Cuenca estuvo expuesta en un escaparate de la calle Concepción Jerónima de Madrid. Su autor fue Enrique Arévalo, discípulo del insigne escultor Benlliure.
La primera procesión en la que participó la Hermandad salió de la Iglesia de San Esteban a las 21.00 horas del día 19 de abril de 1905 y el paso era portado por 12 banceros.
Fueron estos tiempos de bonanza para la Hermandad que llegó a desfilar con 4 pasos: La oración del Huerto, El Beso de Judas, La Negación de San Pedro (1908) y Jesús en el Pretorio (1909), donados todos ellos por Don Mariano Catalina.
Tras la guerra civil, en la que se perdieron muchas imágenes, entre ellas, la nuestra, la Hermandad se reorganiza celebrando junta general el cinco de enero de 1941. En aquel momento, la lista de la Hermandad estaba formada por 24 hermanos
Pocas semanas antes de la Semana Santa de 1942 llegó a Cuenca la talla actual que realizó el insigne escultor e imaginero Don Luis Marco Pérez, que, no sin muchas dificultades, desfiló ese mismo año en la Procesión del Silencio. Ese desfile lo realizó la Hermandad con andas y horquillas prestadas. Ese año el cartel anunciador de la Semana Santa fue encargado a Don Alfonso Cabañas, tesorero de la Hermandad, y fue una pintura con un nazareno de El Prendimiento.
El año siguiente la Hermandad estrenó andas propias, aunque las dificultades continuaban, y como ejemplo indicar que, ante la escasez de tela blanca, la Hermandad acordó adquirir una partida de dicha tela para que los hermanos pudieran confeccionar sus túnicas y capuces, dando facilidades de pago a quienes no pudieran pagar de una sola vez.
En el año 1950 se celebró Junta General en la que se acordó la subasta de los 20 banzos del paso procesional y, en ese año, la Hermandad contaba ya con 200 hermanos.
Sin embargo, y a pesar de la ayuda económica que supuso la subasta de banzos, las dificultades económicas de la época, 1954, hicieron que la Hermandad crease una comisión que acompañase al nuncio para solicitar el pago a los hermanos, puesto que había un alto número de cuotas, banzos y túnicas “a plazos” impagados. Ese mismo año la Hermandad volvió a protagonizar el cartel anunciador de la Semana Santa.
Las dificultades económicas continuaron hasta mediados de los años sesenta, si bien se acometieron importantes proyectos como el dorado de las andas que se estrenó en la Semana Santa de 1959. Las donaciones de algunos hermanos ayudaron a mantener la Hermandad en aquellos difíciles años.
A partir de aquí vieron años de bonanza económica que permitieron a la Hermandad adquirir Guión y estandartes nuevos, así como banzos y el Estandarte de Presidencia.
En el año 1973 la Hermandad recibió de la Junta de Cofradías la cinta verde por el comportamiento ejemplar de los banceros, que, desde entonces, ondea en el guión de la Hermandad.
En el año 1976 se encargaron las andas actuales a los artesanos conquenses Modesto y Nemesio Pérez del Moral. Estas andas desfilaron por primera vez en la Semana Santa de 1978. Ese año el número de banceros pasó de 24 a 34.
Los años 80 fueron los años del despegue de la Semana Santa, y también supusieron el de nuestra Hermandad, aunque no sin problemas por el comportamiento de algunos hermanos que costó mucho erradicar. De estos años destaca la incorporación de la mujer a la Hermandad en el año 1981 y la asistencia de la Banda de Música de Horcajo de Santiago a la Función de la Hermandad, el 24 de marzo de 1985. Desde entonces, esta agrupación musical son Hermanos Honorarios manteniendo, hasta la actualidad, una estrecha relación entre ambas.
En el año 1987, la Hermandad incorporó el paso de Jesús ante el Pretorio. Esta imagen desfiló por última vez en el año 1990, puesto que se consideró que no reunía los requisitos artísticos necesarios.
En los años 90 la Hermandad adquirió nuevas almohadillas, banzos y cetros, así como brazaletes con el escudo de la Hermandad para los banceros.
Los actuales Estatutos de la Hermandad fueron aprobados por el Obispo de Cuenca Don Ramón del Hoyo el día 3 de febrero de 2004.
El año 2004, además de por lo dicho anteriormente, fue muy importante para la Hermandad: el año de nuestro centenario, por lo que se organizaron importantes actos para conmemorarlo. Así, en marzo, se inauguró una exposición con más de 50 obras de otros tantos artistas sobre El Prendimiento. Tres días después tuvo lugar en el Teatro Auditorio un concierto de marchas procesionales a cargo de la Joven Orquesta de Cuenca donde se estrenó la obra “El Prendimiento” compuesta por Julián López Calvo. Este concierto fue editado en CD.
Juan Carlos Aguilar compuso la marcha “30 denarios”, dedicada también a El Prendimiento.
Un momento especial para la Hermandad fue la asistencia a la X Edición de la Muestra Nacional de Artesanía Cofrade (Munarco) celebrada en Sevilla en enero y febrero de 2006, donde se desplazaron numerosos hermanos para ver nuestro paso en la Catedral de Sevilla y vivir el ambiente “semanasantero” tan especial que allí se vive.
En la actualidad la Hermandad cuenta con 482 hermanos y 268 hermanas.
